Después de que Madero promulgó el Plan de San Luis para derrocar al dictador Porfirio Díaz, Zapata se levantó en armas para apoyar este movimiento. Organizó un ejercito, conformado principalmente por campesinos, para liberar Jojutla, Chinameca, Cuautla, en el llamado sitio de Cuautla, y Cuernavaca.
Ante el temor de que la insurrección lo rebasara y porque se dio por satisfecho con la renuncia de Díaz a la presidencia de la República, Madero aceptó negociar con el gobierno porfirista el fin de la revolución. El Pacto de Ciudad Juárez, de mayo de 1911, fue el compromiso entre Madero y el régimen para frenar la guerra y nombrar un gobierno interino encabezado por un connotado porfirista –Francisco León de la Barra, a la sazón secretario de Relaciones Exteriores–, manteniendo intacto el Estado: el ejército federal, los poderes Legislativo y Judicial, el orden jurídico, los poderes estatales y locales. A cambio de la renuncia de Díaz y del vicepresidente Ramón Corral, así como del relevo de algunas gubernaturas que pasarían interinamente a manos de gente de Madero, este se comprometió a desarmar a su ejército y licenciarlo. Poco después, el líder de la revolución triunfante cambió el tono de sus pronunciamientos: había llegado la hora de la reconciliación nacional, de la unidad y de hacer a un lado la violencia y las demandas sociales. El Plan de San Luis había que olvidarlo.
A pesar de eso, Zapata confió en las promesas de Madero de que pronto se resolvería el problema agrario y aceptó que sus hombres entregaran sus armas. Sin embargo, el desarme zapatista, y sobre todo los acuerdos de Madero con el líder suriano, fueron saboteados por el presidente León de la Barra, quien ordenó a una columna del ejército federal, encabezada por el general Victoriano Huerta, que invadiera el estado de Morelos y obligara a Zapata a un desarme sin condiciones. La provocación del gobierno interino y del ejército federal continuó, pese a los intentos de Madero por impedirlo.
Zapata rompió con Madero de forma virulenta. El Plan de Ayala, que proclamó a fines de noviembre de 1911, fue el resultado del fracaso de su negociación y la justificación de su rebeldía. No eran bandidos ni buscaban el poder. Tenían una causa, la agraria, que Madero había traicionado. A partir de entonces, el líder sureño volvió a levantar a su ejército y se convirtió en el principal problema político para el gobierno maderista en 1912, después del fracaso de la rebelión orozquista en el norte.
Emiliano no pudo ser derrotado, a pesar de la Ley de Suspensión de Garantías que aplicó Madero en la zona zapatista y de la guerra a sangre y fuego que libraron contra ellos las columnas federales de Huerta y Juvencio Robles. No pudo ser doblegada tampoco por la estrategia militar, menos violenta, que llevó a cabo el general amigo de Madero, Felipe Ángeles, quien, aunque debilitó a la insurrección suriana, no pudo acabar con ella mientras duró el gobierno maderista.
